在《使命召唤13》中，存在四大派系，分别是：
Solar Associated Treaty Organization （SATO， 太阳系联合条约）
Space Combat Air Recon （SCAR， 空间站军直侦查连）
United Nations Space Alliance （UNSA， 联合国太空联盟）
Settlement Defense Front （SDF， 殖民地防卫前线）
其中，玩家可以操作的只有SATO和SCAR两个阵营。
反派阵营是 SDF，即 殖民地防卫前线。SDF是游戏中的大反派，由一群在战争期间反对UNSA的人组成，他们与SATO势不两立，并且其成员被描述为反动分子，暴力且好战。游戏的目标是消灭SDF，保卫地球的和平。
