精灵宝可梦中的秘密钥匙有以下几种用途：
电鬼的形态转变
在打败草系道馆后的晚上8点以后，可以使用神秘钥匙来使电鬼变成不同的形态。
首先，从出口处进入并到达森之洋馆，遇到草系馆主并交谈。
使用间合斩进入，调查一个电视机，电鬼就会出现，其等级为20级。
要使用秘密钥匙转变形态，需要来到白岱市银河团基地，找到一堵墙并调查，秘密钥匙会将其变成一条秘密通道。进入并调查相应的电器，电鬼就会变成相应的形态。要变回原形，只需再次调查该电器即可。
打开闭锁的红莲道馆门
在口袋妖怪黄版或火红·叶绿中，秘密钥匙可以用来打开闭锁的红莲道馆的门。
开启秘密开关
在某些版本中，如叶绿原版，秘密钥匙可能用于开启屋内的石像开关，从而打开不同的门。具体操作步骤包括从3楼的左面缺口跳下去，钥匙位于那一层，按下开关后可以打开门。
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